Kurikulum yang diterapkan oleh TMI Pondok Pesantren Manahijussadat adalah kurikulum terpadu antara kurikulum pesantren (modern dan klasikal) dan kurikulum pemerintah (Depag, Diknas dan Dikmenjar) yang disesuaikan dengan potensi yang ada di Pondok Pesantren.
Pendidikan dan pengajaran di Pondok Pesantren Manahijussadat diselenggarakan dengan sistem pembelajaran yang modern (Direct method, Quantum Teaching, Life Skill Education Method, dan Broad-Base Education Method), dan senantiasa memperhatikan perkembangan dalam sistem pendidikan modern. Dengan singkat dapat dikatakan bahwa sistem pendidikan dan pengjaran di Pondok Pesantren Manahijussadat berdasasrkan teori dan praktek pembelajaran modern, terutama dalam pembelajaran bahasa asing dan teknologi.
Program intrakurikuler diberikan secara klasikal, dengan menggunakan sistem terpadu antara pesantren dan pemerintah (Kementerian Agama dan Diknas) dengan waktu belajar mulai pukul 07.00 WIB sampai dengan pukul 12.15 dan masuk kembali pukul 14.15 WIB sampai dengan pukul 15.00 WIB.
Program ini dirancang untuk memberikan pengayaan kepada kegiatan intra kurikuler sehingga santri memiliki kemampuan yang memadai, seperti kegiatan :
Program ekstra kurikuler merupakan program yang dilakukan di luar jam formal yang memiliki pengaruh penting terhadap pembentukan karakter santri. Program-program tersebut antara lain :