Majelis Pengasuhan dalam skema struktur organisasi Pondok Pesantren Manahijussadat adalah Direktorat II Bidang Pengasuhan yang saat ini dipimpin oleh Al-Ustad Muhamad Nasrun Saragih, S.ThI., M.Pd. Dalam prakteknya Majelis Pengasuhan dalam fungsinya sebagai pembimbing dan fungsi kontrol membawahi beberapa sub bagian yaitu Bagian Pengasuhan, Bagian Nahdha, Bagian Ubudiah, Bagian Kesehatan, Bagian Mabikori, Bagian Ekstrakurikuler. Tugas lembaga ini mencakup kehidupan santri diluar jam belajar dikelas, adapun tugas utama lembaga ini adalah mengatur aktivitas kehidupan santri diasrama selama 24 jam. Ada dua hal pokok yang menjadi tugas lembaga pengasuhan ini yaitu ; sebagai pembina organisasi santri dan Pramuka serta sebagai pembina dan penegak disiplin santri. Pengasuhan di Pondok Pesantren Manahijussadat dibagi dalam dua wilayah kerja, untuk pengawasan dan menanamkan disiplin dan kontrol santri putra dibawah koordinasi Pengasuhan Putra, sedangkan pengawasan dan menanamkan disiplin santri putri dibawah koodinasi Majelis Pengasuhan Putri.