Sebagai pondok pesantren, Manahijussadat memiliki jiwa yang lebih dikenal dengan Panca Jiwa, dimana seluruh aktivitas dan kegiatan santri dijiwai oleh Panca Jiwa, yaitu;
Adapun filsafat hidup pondok seperti, Bondo bahu pikir lek perlu sak nyawane pisan, Berjasalah tapi jangan minta jasa, Manahijussadat berdiri di atas dan untuk semua golongan, Siap dipimpin dan siap memimpin, Patah tumbuh hilang berganti, dll.
Motto Pondok